Fue el 12 de diciembre de 1992 cuando se inauguró el museo a cargo del doctor Jorge Flores Valdés, quien por encargo del doctor José Sarukhán Kermez, rector de la UNAM en 1989, le pidió llevar a cabo el proyecto del museo de ciencias y emprender el camino para construir el museo de la UNAM.

La misión del museo es comunicar la ciencia e incrementar la cultura científica en la gente para que puedan tomar mejores decisiones y formar vocaciones.

El museo está construido en un área de 25 mil metros cuadrados dentro de Ciudad Universitaria, de los cuales 12 mil están ocupados con exposiciones permanentes. Está integrado por las salas: Energía,  Química, Estructura de la materia, El universo, Biología humana y salud, Biodiversidad, Conciencia de nuestra ciudad, Donde habita la vida (ecología), Agricultura y alimentación, Matemáticas; además de diversos espacios como teatro, la parcela, la senda ecológica y la biblioteca.

Cada espacio del museo está diseñado con el fin de acercar la ciencia a quienes lo visitan, su gran infraestructura permite la realización de encuentros, congresos, presentaciones de libros, conferencias, conferencias magistrales, seminarios, mesas redondas, conciertos, premiaciones, cursos, exposiciones, reuniones de trabajo, demostraciones, entre otros.

Las ciencias sociales están implícitas y juegan un papel importante porque en muchos proyectos del museo participan, ya que ahora tienen el proyecto de la renovación de la sala de Conciencia de nuestra ciudad con el Instituto de Geografía de la UNAM, además de una exposición itinerante y temporal que girará con muestras de México y otras partes del mundo.
En el museo, desde su concepción, la parte del arte, las actividades humanas, las ciencias y las humanidades van de la mano.
En cada sala hay un científico responsable de hacer los guiones conceptuales necesarios para la sala a  su cargo, supervisar el mantenimiento de los equipos, así como el buen estado de su respectiva sala; además de capacitar con el contenido de la sala a los anfitriones.

En su entorno, el museo cuenta con exposiciones itinerantes y permanentes como Agua, elemento de vida, donde se muestra el agua en sus diversas facetas y por qué es indispensable su adecuada gestión; Matemáticas, se explican diferentes temas como: geometría clásica, poliedros, caleidoscopios, mosaicos y teselaciones, fractales, probabilidad, topología, nuevas geometrías, galería de número y talleres.
Otra sala de exposición es R3: Reduce, Reutiliza, Recicla, donde se encuentran alternativas prácticas para conservar el ambiente y comprender que la solución es una responsabilidad compartida entre individuos, instituciones, empresas y gobiernos. El cerebro es otra sala donde se explica el sistema nervioso y los procesos que se generan para dar respuesta a todos los estímulos que nos rodean.

La química está en todo es el tema de otra sala donde se muestra que las características de la vida moderna son posibles ya que los profesionales de la química no se limitan a analizar lo que ya existe.

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